1950年，贺衷寒出任台湾国民党交通部长。他上任后，首先设立交通干部讲习会，使交通工作人员接受专业训练;接着又制订了交通部所属各事业单位企业化的政策，要求资金向最有利的方向投资，劳力往最有效的地方调配。随后，按科学管理的要求，推出了职责契约制、资本责任制、劳动效率制、工作检核制、公共关系制、资历管理制等一整套企业经营管理的制度。在他任交通部长期间，还撰写有《交通管理要义》、《交通管理论丛》等著作。这一切，都在客观上为以后台湾交通事业的发展奠定了较好的基础。当然，贺衷寒所做的这一切，都是为蒋介石集团“反攻复国”服务的。正因为如此，他在主持交通部工作时，特别重视海洋船只的发展，除充实所谓“国营”航运及辅导民用航运外，并成立打捞公司，重建复兴航业公司，以备战时之用。

　　1954年，贺衷寒辞去交通部长之职，出任“总统府”国策顾问。1961年，任国民党中央设计考核委员会主任委员。1966年以后，任“行政院”政务委员、“国民大会”代表、国民党中央评议委员会委员等闲职。这时，“湖南人有小组织”、“贺衷寒想搞分裂运动”等流言，逐渐在台湾上层人物中传播。贺衷寒本人亦有所闻。有人劝他晋见蒋介石，表明心迹。贺衷寒闻言，久久不说一句活，继而自我表白说：“我贺衷寒前额有字，我是三民主义的信徒，我是中国国民党的党员，我是领袖的学生。搞一个运动，必定有言论、有行动。我贺某未离开台湾一步，从未写过一篇违背中央决策的文章与言论，运动从何而来?……”忧郁伤感之情溢于言表，好在他是经历过大风大浪的，表面上尚能泰然处之。于是，他便于1971年辞去其他一切职务，仅留一个国策顾问。

　　贺衷寒的晚年，除偶尔出席几次会议外，平日在家，或读书看报，或练字作诗，直至1972年去世。

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